Contrôle phytosanitaire : ce que vérifie la DRAAF et ce que ça coûte
Qui contrôle, comment vous êtes sélectionné, quels documents sont demandés, les points de contrôle un par un et la grille officielle des réductions d'aides PAC : registre incomplet 1 %, absent 3 %, produit sans AMM jusqu'à 5 %, LMR 5 %, refus de contrôle 100 %.

Un contrôle phytosanitaire est réalisé par les agents de la DRAAF, service régional de l'alimentation (SRAL). Il vérifie d'abord des documents : le registre des traitements, les factures et bons de livraison des produits, le rapport de contrôle technique du pulvérisateur, le Certiphyto.
À retenir : en conditionnalité PAC, un registre incomplet coûte 1 % des aides, un registre absent 3 %, un dépassement de résidus 5 %. Les taux triplent au second constat sur trois ans.
Puis il compare ce qui est écrit avec ce qui est autorisé : produit disposant d'une AMM pour l'usage, dose et délai avant récolte respectés, zones non traitées, délais de rentrée, stockage. En conditionnalité des aides PAC, un registre incomplet coûte 1 % des aides, un registre absent 3 %, un dépassement de limite maximale de résidus 5 %, et les taux triplent en cas de répétition sur trois ans.
Cet article détaille le déroulé, les points de contrôle et la grille officielle des sanctions.
Il fait partie de notre dossier complet sur le registre phytosanitaire numérique 2027.
En bref
- Qui : les agents de la DRAAF-SRAL ; sélection par analyse de risques et tirage aléatoire.
- Quoi : registre, factures, rapport de contrôle du pulvérisateur, Certiphyto, local de stockage.
- Combien : registre incomplet 1 %, absent 3 %, produit sans AMM jusqu'à 5 %, résidus 5 %, refus de contrôle 100 %.
- Comment s'y préparer : un registre tenu en continu, cohérent avec les factures et le stock.
Qui contrôle, et comment êtes-vous sélectionné ?
Les contrôles « utilisation des produits phytopharmaceutiques » relèvent des agents de la DRAAF-SRAL (DAAF-SALIM dans les départements d'outre-mer). Dans le cadre de la conditionnalité des aides PAC, les exploitations contrôlées sont choisies sur un échantillon de dossiers sélectionnés par analyse de risques, complété par une sélection aléatoire ; les Chambres d'agriculture évoquent environ 1 % des déclarants par domaine de contrôle chaque année.
Le contrôle n'est pas annoncé longtemps à l'avance : un registre tenu en continu est la seule préparation qui tienne.
Ce que le contrôleur demande à voir
- Le registre des traitements, présent et complet. Sa complétude est vérifiée pour l'année civile en cours sur trois parcelles choisies par analyse de risques, en croisant avec les factures et bons de livraison.
- Les documents liés aux produits : factures, bons de livraison, attestations de remise des emballages vides (EVPP) et des produits non utilisables (PPNU).
- Le rapport de contrôle technique du pulvérisateur en cours de validité, ou la preuve de première mise en service de moins de cinq ans.
- Le Certiphyto valide de l'exploitant et des personnes qui appliquent.
- Le local ou l'armoire de stockage : dédié aux produits phytopharmaceutiques, aéré, fermé à clé, sans produit stocké ailleurs.
Les points de contrôle, un par un
- Contrôle technique du pulvérisateur : rapport présenté et conforme, appareil utilisé conforme aux dates déclarées dans le registre.
- Autorisation de mise sur le marché : chaque produit dispose d'une AMM valide pour l'usage réalisé (culture, cible). Un produit dont l'AMM a été retirée et dont le délai de grâce est dépassé compte comme un produit sans AMM.
- Exigences de l'AMM : dose au plus égale à la dose homologuée, délai avant récolte (3 jours à défaut de mention), nombre maximal d'applications, zones non traitées aquatiques (5, 20 ou 50 m selon le produit, 5 m minimum), distances de sécurité riverains, équipements de protection individuelle.
- Prescriptions d'emploi : délais de rentrée, moyens contre la dérive, protection des pollinisateurs en floraison, règles de mélanges, remplissage du pulvérisateur (protection du réseau d'eau et anti-débordement), rinçage et vidange des fonds de cuve, gestion des déchets et effluents.
- Formation : Certiphyto valide.
- Paquet hygiène : registre présent et complet, stockage conforme, respect des limites maximales de résidus.
La grille officielle des réductions d'aides
Les taux ci-dessous sont ceux des fiches conditionnalité du ministère de l'Agriculture (sous-domaine Santé - Productions végétales). Le premier taux s'applique au premier constat, le second en cas de second constat sur trois ans.
- Registre incomplet : 1 %, puis 3 %. Absence totale de registre : 3 %, puis 9 %.
- Produit sans AMM pour l'usage : 1 % si l'erreur découle d'une préconisation écrite erronée, 3 % pour un produit, 5 % pour deux produits ou plus.
- Dose ou délai avant récolte non respectés : 3 % pour un ou deux produits, 5 % à partir de trois.
- Autres exigences de l'AMM (ZNT, distances de sécurité) : 1 % pour un ou deux produits, 3 % pour trois à cinq, 5 % à partir de six.
- Délai de rentrée, dérive, abeilles, mélanges, remplissage, rinçage, déchets : 3 % chacun, puis 9 %.
- Certiphyto absent ou non valide : 3 %, puis 9 %.
- Rapport de contrôle du pulvérisateur non présenté : 1 %, 3 % ou 5 % selon qu'il est exigible depuis moins d'un an, un à trois ans, ou plus de trois ans.
- Stockage : absence de local ou d'armoire dédiée, ou produits stockés ailleurs : 3 %, puis 9 %.
- Limites maximales de résidus dépassées : 5 %, puis 15 %.
Les Chambres d'agriculture rappellent qu'un refus de contrôle entraîne la perte de 100 % des aides, et que le taux de 3 % est le plus fréquemment appliqué. Au-delà de la PAC, un manquement peut faire l'objet d'une demande de remise en conformité par la DRAAF, et les certifications (HVE, agriculture biologique, cahiers des charges de filière) reposent sur la même traçabilité.
Ce que le contrôle ne cherche pas
Le contrôleur ne juge pas votre stratégie agronomique. Il cherche l'incohérence : entre le registre et les factures, entre la dose écrite et la dose homologuée, entre la date de traitement et la date de récolte, entre la parcelle traitée et le cours d'eau voisin.
Un registre tenu au moment du traitement, avec un référentiel à jour, supprime la plupart de ces incohérences avant qu'elles existent. C'est ce que nous détaillons dans notre article sur les fermes de taille moyenne.
Se préparer en cinq points
- Registre à jour, complet, avec les champs 2026, exportable en PDF et en fichier structuré.
- Factures et bons de livraison classés, cohérents avec le registre et avec le stock.
- Rapport de contrôle du pulvérisateur et Certiphyto valides, dates de renouvellement notées.
- Local de stockage dédié, aéré, fermé à clé, avec les EVPP et PPNU identifiés.
- Vérification des usages avant chaque traitement : AMM, dose, DAR, ZNT, mélanges.
HYGO couvre le premier et le dernier point : le registre se construit à partir des passages détectés par capteur GPS, chaque bouillie est vérifiée contre le référentiel ANSES (usage, dose, ZNT, DAR, mélanges) avant la pulvérisation, et le carnet de plaine s'exporte en PDF et CSV. Détail sur la page conformité réglementaire.
Dans le dossier « Carnet phyto 2027 »
- Le dossier complet : registre phytosanitaire numérique 2027, obligations et échéances
- Format lisible par machine : PDF, Excel, CSV ou logiciel, qu'est-ce qui est conforme ?
- Les informations obligatoires du registre depuis 2026, champ par champ
- Le calendrier 2026-2030 du registre électronique
- Traçabilité phytosanitaire : pourquoi elle pèse sur les fermes de taille moyenne
- Comparatif des logiciels de traçabilité phytosanitaire
Crédit photo : Triplec85, Wikimedia Commons, licence CC BY-SA 4.0.
Questions fréquentes
Qui réalise le contrôle phytosanitaire d'une exploitation ?
Les agents de la DRAAF, service régional de l'alimentation (SRAL), ou de la DAAF-SALIM en outre-mer. En conditionnalité PAC, les exploitations sont sélectionnées par analyse de risques complétée d'un tirage aléatoire, soit environ 1 % des déclarants par domaine de contrôle chaque année selon les Chambres d'agriculture.
Quelle sanction si le registre phytosanitaire est incomplet ou absent ?
Selon les fiches conditionnalité du ministère de l'Agriculture, un registre incomplet entraîne une réduction de 1 % des aides PAC (3 % au second constat sur trois ans) et l'absence totale de registre 3 % (9 % au second constat). Un dépassement des limites maximales de résidus coûte 5 %, et un refus de contrôle 100 %.
Quels documents sont demandés lors d'un contrôle phytosanitaire ?
Le registre des traitements, les factures et bons de livraison des produits, les attestations de remise des emballages vides et produits non utilisables, le rapport de contrôle technique du pulvérisateur, le Certiphyto, et l'accès au local de stockage.
Un produit dont l'AMM a été retirée compte-t-il comme un produit sans AMM ?
Oui, dès que la date limite d'utilisation (délai de grâce) est dépassée. L'utilisation d'un produit sans AMM pour l'usage est sanctionnée à 3 % des aides pour un produit et 5 % à partir de deux, ou 1 % si elle résulte d'une préconisation écrite erronée.
Le contrôle phytosanitaire est-il annoncé ?
Les contrôles de conditionnalité peuvent faire l'objet d'un préavis court, mais le registre doit être présentable à tout moment et le format électronique remis sous dix jours ouvrables sur demande. La seule préparation fiable est un registre tenu en continu.
Sources
- Telepac — Fiche conditionnalité 2024, sous-domaine Santé - Productions végétales : utilisation des produits phytopharmaceutiques
- Telepac — Fiche conditionnalité 2024, sous-domaine Santé - Productions végétales : paquet hygiène (registre, stockage, LMR)
- Chambres d'agriculture de Normandie — Conditionnalité des aides PAC
- Arrêté du 24 décembre 2025 relatif à la tenue des registres d'utilisation des produits phytopharmaceutiques et de leurs adjuvants (Légifrance)
- Chambre d'agriculture Grand Est — Les règles de la conditionnalité des aides PAC 2023-2027 et le système de contrôle












